Celem Fundacji jest wspieranie działań, które przyczynią się do poprawy jakości i efektywności systemu oświaty, szkolnictwa wyższego i szkoleń w Polsce oraz ich otwarcia na świat. Zgodnie z Polityką Jakości Fundacji Rozwoju Systemu Edukacji realizuje ona swoją misję poprzez:
- wspomaganie prac analitycznych, studialnych i promocyjnych dotyczących reformy systemu edukacji w Polsce,
- zarządzanie realizacją programów w obszarach edukacji formalnej, pozaformalnej i nieformalnej, a w szczególności programami Unii Europejskiej,
- współpracę z ośrodkami zagranicznymi i wymianę informacji o europejskich systemach edukacyjnych oraz o polityce edukacyjnej i młodzieżowej,
- promowanie rozwoju współpracy międzynarodowej pomiędzy instytucjami edukacyjnymi i szkoleniowymi, wspieraniu mobilności studentów, uczniów, nauczycieli i grup młodzieży oraz wspieranie inicjatyw młodzieżowych.